Javelin được đưa vào trang bị cho Phi đoàn 46 của RAF vào năm 1956, phi đoàn này đóng tại căn cứ RAF Odiham, Anh[4] Ngay cả khi được đưa vào hoạt động, vẫn có những hạn chế nghiêm ngặt về các động cơ thao diễn máy bay có thể thực hiện.

Vào thời kỳ đỉnh cao của mình (1959-1962) có tới 14 phi đoàn được trang bị Javelin. Năm 1962, số lượng Javelin giảm xuống nhanh chóng, đến năm 1964 chỉ còn có 4 phi đoàn còn sử dụng nó.

Javelin thuộc RAF đã tham gia chiến đấu trong cuộc đối đầu Indonesia-Malaysia từ tháng 9/1963 tới tháng 8/1966. Javelin thuộc Phi đoàn 60, sáp nhập từ Phi đoàn 64 đóng quân tại căn cứ RAF Tengah, Singapore đã thực hiện các cuộc tuần tra trên vùng rừng của Malaysia. Năm 1964, một chiếc Lockheed C-130 Hercules của Không quân Indonesia bị rơi trong khi đang cố tránh bị một chiếc Javelin FAW.9 thuộc phi đoàn 60 chặn đánh. Vào tháng 6/1967, sau khi phi đoàn 64 giải thể, phi đoàn 60 được triển khai tới Kai Tak, Hong Kong vì tình trạng bất ổn ở thuộc địa Hồng Kông trong thời kỳ Cách mạng Văn hóa ở Trung Hoa đại lục. Javelin cũng được triển khai tới Zambia vào giai đoạn đầu khi Rhodesia đơn phương tuyên bố độc lập, để bảo vệ Zambia khỏi bất kỳ hành động nào từ Không quân Rhodesia.

Chiếc Javelin cuối cùng ngừng hoạt động vào năm 1968 sau khi Phi đoàn 60 đóng tại căn cứ Tengah giải thể vào tháng 4/1968.[5] Một chiếc Javelin vẫn tiếp tục được Viện thử nghiệm vũ khí và hàng không sử dụng tại Boscombe Down cho đến 24/1/1975.